Martin Junaković, es un base croata de 1.85 de altura, tira muy bien de 2 puntos, buen tirador de 3 puntos, si bien no es un especialista y que utilice el tiro exterior como arma principal, es un gran asistente pues dispone de gran visión de juego, va bien al rebote, y es un base interesante de 1994, si bien no ha tenido en los equipos croatas en los que ha estado suficiente protagonismo, a ver sí ahora en las filas del KK Zagreb, tiene los minutos suficientes para crecer más como jugador.
Junaković, debutó en las categorías inferiores del KK Šibenka Šibenik, en 2009, estuvo hasta 2011 en dicho club, luego fichó por el KK Mladost Zagreb, durante la temporada 2011-2012, en la temporada 2013-2014 fichó por el KK Cibona de Zagreb, en la liga croata, premijer ligue, jugó 16 partidos logrando una media de 2.6 puntos con un 43.8 % en tiro de 2 puntos, anotó Junaković, 4 puntos contra el KK Zagreb, 5 puntos y +5 asistencias logró ante el GKK Šibenik, 5 puntos y +4 asistencias hizo ante el KK Kvarner 2010, su equipo jugó la final de la liga croata cayendo por un claro (0-3), contra el KK Cedevita, con resultados de (76-84,61-69 y 76-87), en la Adriatic league, Junaković, jugó un total de 19 partidos logrando 1.2 puntos de media, teniendo eso sí, una presencia muy testimonial, su equipo el KK Cibona de Zagreb, fue campeón tras batir en la final de Belgrado, en duelo croata al KK Cedevita, por un claro 72-59, Junaković, jugó 9 partidos de la Eurocup 2013-2014, logrando un total de 32 puntos, hizo Martin 12 puntos ante el Nymburk de Hungría, y 11 ante el Cantú de Italia.
En la temporada 2014-2015, el base croata Martin Junaković, jugando con el GKK Šibenik, logró una media de 10.1 puntos con un 49 % en tiro de 2 puntos en 10 partidos de la liga croata, el base croata Junaković, en sus mejores partidos consiguió 11 puntos contra el KK Gorica, otros 11 puntos con +5 rebotes ante el KK Kvarner 2010, hizo Junaković, 14 puntos con +2 triples y +5 asistencias ante el KK Split.
Jugó Junaković, en la A-2 de la liga croata, la temporada 2015-2016, con el KK Hermes Analítica de Zagreb, de la cual no disponemos de estadísticas, fichó en verano de 2016, por el KK Zagreb, en la ya terminada temporada 2016-2017, Martin Junaković, en las filas del KK Zagreb, ha jugado bastantes partidos de la premijer ligue de Croacia, un total de 28 partidos, logrando una media de 9.9 puntos con un 51.1 % en tiros de 2 puntos y un 35.1 % en tiros triples, el base croata ha destacado ante KK Zadar, con 6 puntos y +9 asistencias, y sobre todo con 21 puntos, +11 asistencias y +2 triples ante el KK Cibona.
Con las selecciones inferiores de Croacia, Martin Junaković, ha jugado muchos torneos, participó en el Europeo Sub-16 División A de Lituania en 2009, donde Croacia quedó en la 6 plaza, logrando un total de 5 puntos, 13 rebotes y 13 asistencias para el base croata Martin Junaković. Tuvo Martin Junaković una media de casi un punto por partido con 1.9 asistencias y rebotes. En la 1 fase, hizo Junaković, 1 punto con +1 rebote en un 64-66, contra España, hizo el base croata 1 punto con +7 rebotes y +7 asistencias ante República checa, en un 70-68, cogió Martin +2 rebotes en victoria clara por 77-40 ante Alemania. En la 2 fase paliza ante Latvia, por 84-56, derrota ante Francia, por 59-70, con +1 rebote para Junaković, y anotó 3 puntos con +3 asistencias ante Serbia, en el 66-75, derrota de Croacia, en partidos del 5-8, la selección balcánica, tras dar una paliza por 79-49, ante Francia, jugó por la 5 plaza, con Russia, perdiendo por 79-83, no jugó en estos partidos el base croata.
Logra su única medalla, pero a lo grande de Oro, en el Europeo Sub-16 División A de Montenegro, en 2010, Croacia, fue muy superior a sus rivales, que fue liderada por el jugadorazo Dario Šarić, el base Martin Junaković, estuvo a buen nivel logrando un total de 71 puntos, 37 rebotes y 27 asistencias. Tuvo Junaković una media de 8.9 puntos, 3.4 asistencias. En la 1 fase, el base croata Junaković, hizo 6 puntos con +4 rebotes y con +2 triples en el derbi ante Serbia en un 69-64, para Croacia, partido muy bueno ante Italia, en un 72-71, del croata Martin Junaković, con 6 puntos, +7 rebotes y +6 asistencias, no jugó en la derrota por 44-69, ante Alemania. En la 2 fase, ante Grecia, en paliza por 70-49, hizo Junaković 10 puntos con +2 triples y +5 asistencias, en otros partidos el base croata, hizo 9 puntos y +5 asistencias, en un 78-68, ante Lituania, hizo 7 puntos con +4 rebotes en un 63-64, ante Francia, en cuartos de final, en el 81-65, ante Russia, se salió Martin Junaković, hizo 18 puntos con +3 triples y otros +3 rebotes, en semifinales ante España en un 86-82, para Croacia, hizo 15 puntos con +3 triples, no anotó en la gran final del torneo montenegrino, pero contribuyó con +7 rebotes, en el Croacia 80 Lituania 52.
Junaković, jugó el Europeo Sub-18 División A de Polonia, en 2011, acabó con una 8 plaza y un total de 35 puntos, con 16 rebotes y 10 asistencias. Tuvo Martin una media de 3.9 puntos con 1.8 rebotes y 1.1 asistencias, En la 1 fase, hizo Junaković, ante Grecia, en un 61-45, para Croacia, 6 puntos con 1 triple, +2 asistencias, y +2 rebotes, ante Eslovenia, en un 60-50, en el derbi balcánico, con 6 puntos y 1 rebote, el jugador balcánico, hizo 2 puntos con +1 rebote en un 78-72 sobre Polonia. En la 2 fase, hizo el base croata Junaković, 3 puntos con +1 triple y +4 rebotes en un 52-51, ante Alemania, hizo 1 punto con +2 rebotes en un 66-72, contra Turquía, no pudieron con Serbia, en otro derbi en un 59-84, con +2 asistencias para el jugador croata. En cuartos de final, hizo Junaković, 6 puntos con 2 triples en un 50-64, frente a España, en partidos del 5-8, puesto, hizo el base croata Martin Junaković, 7 puntos ante Lituania, en un 60-87, se despiden con derrota clara por 61-80, ante Francia en partido por la 7 plaza, con 4 puntos para el croata Junaković.
Ha tenido la fortuna Martin Junaković, de jugar 2 mundiales Sub-19 de baloncesto, sí bien en ambos, sólo logró la 8 plaza, en el Mundial Sub-19 de 2011 en Letonia, acabo Junaković, con un total de 25 puntos, 17 asistencias y 12 rebotes. Tuvo Martin una media de 3.1 puntos con 1.5 rebotes y 2.1 asistencias. En la 1 fase, Croacia ganó a Lituania, por 88-75, con 3 puntos y +1 triple para Martin Junaković, no anotó en el 88-84, ante Canadá, hizo 2 puntos con +3 rebotes y +4 asistencias ante Corea del Sur, en un 71-75. En la 2 fase, no jugó Junaković, ante Egipto, en un 83-81, no destacó ante Serbia, en un 68-73, hizo 3 puntos y +2 rebotes con +2 asistencias en el 87-85, ante USA, pero en cuartos de final, Croacia, cayó de forma sorprendente ante Argentina, por 76-81, con 3 puntos para el base croata, en los partidos por las plazas del 5-8 lugar, logrando Junaković, 9 puntos y +6 asistencias ante Australia, en un 69-90, clara derrota de Croacia, y 5 puntos con +5 rebotes y +3 asistencias en la derrota ante Polonia, por 70-82.
En el Mundial Sub-19 de 2013, celebrado en la República Checa. Logró la misma 8 plaza Junaković, y acabó con un total de 68 puntos, con 25 rebotes y 21 asistencias. Tuvo Martin una media de 7.6 puntos con 2.8 rebotes y 2.3 asistencias. En la 1 fase, hizo Junaković, 8 puntos y +5 asistencias ante Corea del Sur, en un 106-89, hizo 2 puntos con +2 asistencias en un 79-76, ante Canadá, Croacia sólo perdió con España, por 76-86, con +3 rebotes y +2 asistencias para el jugador croata. En la 2 fase, otro buen partido lo hizo el base croata Junaković, ante Argentina, logrando anotar 11 puntos con +5 rebotes y +3 asistencias en un 85-63, para Croacia, con un partidazo sensacional ante Lituania, anotó Junaković, +7 triples para un total de 27 puntos y +4 rebotes y fue decisivo para su selección que ganó por 91-90, pero en cuartos de final en el derbi balcánico, sufrió una dura derrota ante Serbia, por 66-73, con 10 puntos anotados por el base croata Junaković, y +4 asistencias, en los partidos del 5-8 lugar, hizo Junaković, 6 puntos con +2 triples y +3 rebotes ante España, en un 64-75, y de nuevo derrota con China, por 80-94, en partido por la 7 plaza final, con +3 rebotes para Junaković.